2020總統大選，民進黨籍的總統蔡英文，和高雄市長韓國瑜將正面對決，民進黨祭出九萬月薪，請來林飛帆擔任副祕書長，希望營造當年太陽花學運氛圍，幫綠營打贏選戰。不過，林飛帆上任之後，首度接受廣播專訪，就把公投和中國大陸扯在一起，引來不少批評。
林飛帆18日被主持人周玉蔻問到：「你們祕書長羅文嘉被罵成這樣，怎麼回事？」他表示台灣有很多地方被滲透，很多破口是被中國掌握，有很多村里長跑到對岸，去做一些社區的顧問，包括宗教系統，去年1124很多反同勢力，都跟中國系統連在一起，
主持人周玉蔻聽到後追問「你這樣講，反同的會出來？」林飛帆表示，「對，這是有蠻多證據，相信不論國安單位，很多媒體都知道這狀況，只是過去未有系統性地把這些資訊彙整，讓大家知道。」
只是，未來民進黨要如何說服民眾，這不是政權保衛戰？林飛帆指8月會結合地方力量舉行反紅色滲透座談，若無法對媒體控管、裁罰作出制裁，相信很多民眾不會滿意；而這些工作都已展開，就像中共代理人法討論，不只在民進黨，很多民間社團也開始討論。
針對林飛帆的發言，根據《中國時報》報導，國民黨副發言人黃心華質疑，照林飛帆說法，贊成愛家公投的765萬民眾難道都被大陸收買？他說如任憑民進黨毫無節制捏造恐中符碼、營造恐紅氛圍，企圖進一步箝制人民言論和思想，讓台灣的民主多元淪為鐵幕威權，民進黨才是名副其實的共產黨同路人。
另外，國民黨團立委曾銘宗表示，林飛帆這樣講證實民進黨從蔡總統到政院、各部會及黨，年底選戰就是打恐中牌、抹黑抹紅，呼籲選民睜大眼不要被騙，這完全是操作統獨騙選票。國民黨立委吳志揚也說，同婚議題屬價值觀問題，跟世代觀念、城鄉、宗教都有關係，「跟政治最無關」，公投也是讓民眾自由表達意志，不應過度解讀；吳志揚表示，林飛帆有他的理念，但不是跟自我理念、想法不一樣的人就是壞人，就受到什麼影響。（江呈亨／綜合報導）
